AG Salinas
Dr. Gabriela Salinas
Arbeitsgruppenleiterin
gsalina@gwdg.de
Roya Abbaszadeh
Doktorandin
roya.abbaszadeh@stud.uni-goettingen.de
Dr. Emre Taylan Duman
Bioinformatiker
emretaylan.duman@med.uni-goettingen.de
Jacqueline Fink
Technische Assistentin
jacqueline.fink@med.uni-goettingen.de
Fabian Ludewig
Technischer Assistent
fabian.ludewig@med.uni-goettingen.de
Susanne Luthin
Technische Assistentin
sluthin@gwdg.de
Dr. Maren Sitte
Bioinformatikerin
maren.sitte@med.uni-goettingen.de
Schwerpunkte
Die Hochdurchsatzsequenzierung (Next-Generation Sequencing, NGS) hat sich mittlerweile als Technologie fest etabliert und wird für Analysen in verschiedensten Forschungsanwendungen in allen Bereichen der Lebenswissenschaften eingesetzt. Dies gilt auch für den klinischen Kontext, wo sie die Diagnostik vereinfacht und Therapieansätze auf Grundlage der personalisierten Medizin ermöglicht. Gleichzeitig wirft sie neue technologische, rechtliche und ethische Fragen auf, die es zu beantworten gilt.
Das Ziel unserer Forschungsgruppe ist es, den Zugang zu den neuesten und modernsten NGS-Technologien, Methoden und Plattformen zu erleichtern und unsere Kooperationspartner*innen und Nutzer*innen mit unserer umfassenden bioinformatischen Expertise auf ihrem Weg zu zuverlässigen Forschungsergebnissen zu unterstützen.
Die in unseren Forschungsprojekten erzielten Ergebnisse und Fortschritte nutzen wir auch, um die Ressourcen und Leistungen kontinuierlich zu verbessern und zu erweitern, die wir im Rahmen von NIG, der NGS-Serviceeinrichtung für Integrative Genomik der Universitätsmedizin Göttingen, anbieten.
Projekte
Entwicklung einer neuartigen scRNA-Seq-Plattform aus CellenONE X1 und ICELL8
NGS-basierte Technologien für genomische, transkriptomische und epigenomische Fragestellungen fokussieren sich zunehmend auf die Charakterisierung einzelner Zellen. Mittels Einzelzellsequenzierung (single-cell sequencing, SCS) lassen sich komplexe heterogene Zellpopulationen und regulatorische Beziehungen zwischen Zellarten entschlüsseln und der Entwicklungsweg spezifischer Zellsubtypen in einem Gewebe nachverfolgen. Dies sind auch wesentliche Fragestellungen in verschiedenen Projekten des SFB1002 an der UMG, der erforscht, wie sich Krankheitszustände, Behandlungsstrategien und zielgerichtete Modulationen auf verschiedene Zellpopulationen des Herzens bei Erkrankungen des Menschen und im Tiermodell auswirken.
Unsere Gruppe arbeitet an der Entwicklung von Plattformen für Einzelzell-NGS mit dem Ziel, die Isolierung von Einzelzellen, also den ersten und kritischen Schritt, zu verbessern. Durch den Einsatz des CellenONE X1 zur Zellisolierung erreichen wir eine Dispensierung von Zellen mit hoher Effizienz (nahezu 100 %), hoher Überlebensrate, hoher Präzision, im Hochdurchsatz und mit guter Dokumentation und Visualisierung der isolierten Zellen.
Für den Hochdurchsatz werden Einzelzellen vom CellenONE X1 auf eine 5184-Well-Platte von Takara dispensiert, die ICELL8-Platte mit oder ohne Label-Indexing je nach erforderlicher Library-Erstellung (voll automatisiert). Drei unterschiedliche Protokolle stehen zur scRNA-Seq zur Verfügung: a) ein 3‘ end basierter Ansatz, b) ein Ansatz zur Full-Length-mRNA-Seq und c) ein Gesamt-RNA-Seq-Ansatz mit der SMART-Technologie von Takara. Das System ermöglicht die Durchführung sowohl von DNA-Sequenzierungsmethoden als auch von Nextera-basierten Libraries (ATAC-Seq).
Direkte RNA-Seq mittels Oxford-Nanopore-Technologie
Der MinION-Sequencer ist ein portabler Long-Read-Sequencer. Nach mehreren Updates liegt seine Sequenziergenauigkeit nun bei über 90 % und die erwartete Anzahl an Reads je Durchflusszelle beträgt mehrere Hunderttausend pro Durchflusszelle. Die Read-Länge wurde ebenfalls verbessert und erreicht eine N50-Read-Länge von über 100 kb. Aktuell testen wir die Anwendung des MinION zur RNA-Seq mit einer R7.3 MionION Durchflusszelle und zur Einzelzell-RNA-Seq mit R7.3- und 9.4-Durchflusszellen.
In-situ-RNA-Sequenzierung mit Erhalt der räumlichen Information
Bei dieser Technik handelt es sich um einen innovativen Ansatz, mit dem sich Informationen zum Einzellzell-Transkriptom oder zur hoch-multiplexen Genexpression für die Analyse von Geweben oder klinischen Proben (Biopsien) gewinnen lassen, ohne dass Protokolle zur Gewebedissoziation erforderlich werden. Dies stellt insbesondere für klinische Forschungsarbeiten eine technologische Umwälzung dar.
Protokolle in der Etablierung
Derzeit befinden sich die folgenden Protokolle in der Etablierung:
- Kern-Isolierung für Einzelkern-RNA-Seq (SNS) für ICELL8
- Kern-Isolierung für Einzelkern-RNA-Seq (SNS) für 10 x Genomics
- Ansätze zur Einzelzell-Gesamt-RNA-Seq
Deep learning techniques for association studies of transcriptome and systems dynamics in tissue morphogenesis
In dieser Initiative arbeiten Wissenschaftler*innen aus Informationstheorie, Theoretischer Neurowissenschaft, Transkriptomik sowie Zell- und Entwicklungsbiologie zusammen, um erstmals Bildgebungs- und Expressionsdaten zu kombinieren und so die Zusammenhänge zwischen der Genexpression einzelner Zellen und dem Verhalten von Zellverbünden zu verstehen. Ziel ist die Automatisierung der dynamischen Geweberekonstruktion aus großflächigen Live-Bildgebungsdaten mittels Deep-Learning für die Echtzeit-Identifikation von Einzelzellen an Schlüsselstellen des Embryos und deren transkriptomischer Analyse.
Das Projekt wird im Rahmen der Ausschreibung „Big Data in den Lebenswissenschaften der Zukunft“ des Niedersächsischen Ministeriums für Wissenschaft und Kultur (MWK) und der VolkswagenStiftung gefördert.
KFO 5002 „Charakterisierung und Targeting der Genomdynamik für eine Subtyp-spezifische Therapie des Pankreaskarzinoms“
Zentrales Projekt CP2
Im Rahmen der DFG-geförderten Klinischen Forschergruppe KFO 5002 ist die Biomedical Informatics Support Platform (BISP) von CP2 für die Bereitstellung von IT-Strukturen, bioinformatischen Methoden und Pipelines zur Speicherung, Analyse und Integration der zahlreichen in SP1-7 und CP1 generierten phänotypischen, genomischen und funktionalen Daten verantwortlich. Darüber hinaus werden die Daten der KFO im Rahmen der im MolPAC-Programm gesammelten, umfassenden klinischen Parameter zusammengeführt und analysiert. In diesem Zentral-Projekt werden Next-Generation-Sequencing-Studien und Transkriptomanalysen auf einer zentralen Plattform für alle im gesamten Konsortium erforderlichen Genomanalysen sowie für in CP1 etablierte translationale PDAC-Modelle durchgeführt. CP2 bietet allen wissenschaftlichen Teilprojekten statistische Beratung für die sinnvolle Planung und Durchführung ihrer genomischen Experimente an. CP2 ist verantwortlich für die Durchführung umfassender bioinformatischer Analysen und die qualifizierte Interpretation genomischer Daten. CP2 integriert die in der KFO 5002 gesammelten molekularen Subtypisierungsdaten mit veröffentlichten Daten der PDAC-Subtypisierung und unterstützt CP1 beim Vergleich von PDAC-PDX-Modellen und Organoiden hinsichtlich der Konsistenz der molekularen Subtypen in diesen Modellen.
SFB 1002 „Modulatorische Einheiten bei Herzinsuffizienz“
Der von der DFG geförderte Sonderforschungsbereich (SFB) 1002 will Details und Zusammenhänge bei der Volkskrankheit Herzschwäche („Herzinsuffizienz“) noch besser verstehen. Das Ziel der SFB-Forscher sind neue Verfahren für eine wirksamere Behandlung der Herzschwäche. Dazu untersuchen sie ausgesuchte Signalwege, die die Kommunikation zwischen den unterschiedlichen Zellen im Herzen sowie kleinster Funktionseinheiten in Herzzellen, sogenannter funktionelle Mikrodomänen, herstellen und bei der Entstehung der Herzschwäche eine Rolle spielen.
Publikationen AG Salinas
2023
N4-hydroxycytidine, the active compound of Molnupiravir, promotes SARS-CoV-2 mutagenesis and escape from a neutralizing nanobody
Zibat A, Zhang X, Dickmanns A, Stegmann KM, Dobbelstein AW, Alachram H, Soliwoda R, Salinas G, Groß U, Görlich D, Kschischo M, Wollnik B, Dobbelstein M
iScience 2023 Aug 30;26(10):107786. doi: 10.1016/j.isci.2023.107786.
Single-cell transcriptomics identifies new blood cell populations in Drosophila released at the onset of metamorphosis
Hirschhäuser A, Molitor D, Salinas G, Großhans J, Rust K, Bogdan S
Development 2023 Sep 7:dev.201767. doi: 10.1242/dev.201767. Epub ahead of print.
Elastin stabilization prevents impaired biomechanics in human pulmonary arteries and pulmonary hypertension in rats with left heart disease
Kucherenko MM, Sang P, Yao J, Gransar T, Dhital S, Grune J, Simmons S, Michalick L, Wulsten D, Thiele M, Shomroni O, Hennig F, Yeter R, Solowjowa N, Salinas G, Duda GN, Falk V, Vyavahare NR, Kuebler WM, Knosalla C
Nat Commun 2023 Jul 21;14(1):4416. doi: 10.1038/s41467-023-39934-z.
Surveillance of 3′ mRNA cleavage during transcription termination requires CF IB/Hrp1
Li J, Querl L, Coban I, Salinas G, Krebber H
Nucleic Acids Res 2023 Sep 8;51(16):8758-8773. doi: 10.1093/nar/gkad530.
Concurrent Activation of Both Survival-Promoting and Death-Inducing Signaling by Chloroquine in Glioblastoma Stem Cells: Implications for Potential Risks and Benefits of Using Chloroquine as Radiosensitizer
Müller A, Weyerhäuser P, Berte N, Jonin F, Lyubarskyy B, Sprang B, Kantelhardt SR, Salinas G, Opitz L, Schulz-Schaeffer W, Giese A, Kim EL
Cells 2023 Apr 30;12(9):1290. doi: 10.3390/cells12091290.
Blood T Helper Memory Cells: A Tool for Studying Skin Inflammation in HS?
Witte K, Schneider-Burrus S, Salinas G, Mössner R, Ghoreschi K, Wolk K, Sabat R
Int J Mol Sci 2023 May 16;24(10):8854. doi: 10.3390/ijms24108854.
Combining ferroptosis induction with MDSC blockade renders primary tumours and metastases in liver sensitive to immune checkpoint blockade
Conche C, Finkelmeier F, Pešić M, Nicolas AM, Böttger TW, Kennel KB, Denk D, Ceteci F, Mohs K, Engel E, Canli Ö, Dabiri Y, Peiffer KH, Zeuzem S, Salinas G, Longerich T, Yang H, Greten FR
Gut 2023 Jan 27:gutjnl-2022-327909. doi: 10.1136/gutjnl-2022-327909. Online ahead of print.
Single-cell transcriptomics reveal extracellular vesicles secretion with a cardiomyocyte proteostasis signature during pathological remodeling
Schoger E, Bleckwedel F, Germena G, Rocha C, Tucholla P, Sobitov I, Möbius W, Sitte M, Lenz C, Samak M, Hinkel R, Varga ZV, Giricz Z, Salinas G, Gross JC, Zelarayán LC
Commun Biol 2023 Jan 21;6(1):79. doi: 10.1038/s42003-022-04402-9.
Comprehensive identification of gene expression fingerprints and biomarkers of sexual endocrine disruption in zebrafish embryo
Ayobahan SU, Alvincz J, Reinwald H, Strompen J, Salinas G, Schäfers C, Eilebrecht E, Eilebrecht S
Ecotoxicol Environ Saf 2023 Jan 15;250:114514. doi: 10.1016/j.ecoenv.2023.114514. Epub 2023 Jan 4.
Prognostic factor identification by screening changes in differentially expressed genes in oral squamous cell carcinoma
Schminke B, Shomroni O, Salinas G, Bremmer F, Kauffmann P, Schliephake H, Oyelami F, Rahat MA, Brockmeyer P
Oral Dis 2023 Jan;29(1):116-127. doi: 10.1111/odi.13879. Epub 2021 May 5.
2022
Heat stress leads to rapid lipid remodeling and transcriptional adaptations in Nicotiana tabacum pollen tubes
Krawczyk HE, Rotsch AH, Herrfurth C, Scholz P, Shomroni O, Salinas-Riester G, Feussner I, Ischebeck T
Plant Physiol 2022 Jun 1;189(2):490-515. doi: 10.1093/plphys/kiac127.
Neutrophilic granulocyte-derived B-cell activating factor supports B cells in skin lesions in hidradenitis suppurativa
Sabat R, Šimaitė D, Gudjonsson JE, Brembach TC, Witte K, Krause T, Kokolakis G, Bartnik E, Nikolaou C, Rill N, Coulibaly B, Levin C, Herrmann M, Salinas G, Leeuw T, Volk HD, Ghoreschi K, Wolk K
J Allergy Clin Immunol 2022 Dec 5:S0091-6749(22)01621-9. doi: 10.1016/j.jaci.2022.10.034. Online ahead of print.
Engineered skeletal muscle recapitulates human muscle development, regeneration and dystrophy
Shahriyari M, Islam MR, Sakib SM, Rinn M, Rika A, Krüger D, Kaurani L, Gisa V, Winterhoff M, Anandakumar H, Shomroni O, Schmidt M, Salinas G, Unger A, Linke WA, Zschüntzsch J, Schmidt J, Bassel-Duby R, Olson EN, Fischer A, Zimmermann WH, Tiburcy M
J Cachexia Sarcopenia Muscle 2022 Dec;13(6):3106-3121. doi: 10.1002/jcsm.13094. Epub 2022 Oct 18.
Short-Term Test for Toxicogenomic Analysis of Ecotoxic Modes of Action in Lemna minor
Loll A, Reinwald H, Ayobahan SU, Göckener B, Salinas G, Schäfers C, Schlich K, Hamscher G, Eilebrecht S
Environ Sci Technol 2022 Aug 16;56(16):11504-11515. doi: 10.1021/acs.est.2c01777. Epub 2022 Aug 4.
Prdm12 modulates pain-related behavior by remodeling gene expression in mature nociceptors
Latragna A, Sabaté San José A, Tsimpos P, Vermeiren S, Gualdani R, Chakrabarti S, Callejo G, Desiderio S, Shomroni O, Sitte M, Kricha S, Luypaert M, Vanhollebeke B, Laumet G, Salinas G, Smith ESJ, Ris L, Bellefroid EJ
Pain 2022 Aug 1;163(8):e927-e941. doi: 10.1097/j.pain.0000000000002536. Epub 2021 Dec 24.
HNF1B Alters an Evolutionarily Conserved Nephrogenic Program of Target Genes
Grand K, Stoltz M, Rizzo L, Röck R, Kaminski M, Salinas G, Getwan M, Naert T, Pichler R, Lienkamp S
J Am Soc Nephrol. 2022 Dec 15:ASN.2022010076. doi: 10.1681/ASN.2022010076. Epub ahead of print.
Detailed phenotypic and functional characterization of CMV-associated adaptive NK cells in rhesus macaques
Hasan MZ, Höltermann C, Petersen B, Schrod A, Mätz-Rensing K, Kaul A, Salinas G, Dressel R, Walter L
Front Immunol. 2022 Nov 25;13:1028788. doi: 10.3389/fimmu.2022.1028788.
Small and long RNA transcriptome of whole human cerebrospinal fluid and serum as compared to their extracellular vesicle fractions reveal profound differences in expression patterns and impacts on biological processes
Michel U, Shomroni O, Müller B, Lange P, Salinas G, Bähr M, Koch JC
J Transl Med 2022 Sep 8;20(1):413. doi: 10.1186/s12967-022-03612-3.
Gene-expression profiles of pretreatment biopsies predict complete response of rectal cancer patients to preoperative chemoradiotherapy
Emons G, Auslander N, Jo P, Kitz J, Azizian A, Hu Y, Hess CF, Roedel C, Sax U, Salinas G, Stroebel P, Kramer F, Beissbarth T, Grade M, Ghadimi M, Ruppin E, Ried T, Gaedcke J
Br J Cancer 2022 May 21. doi: 10.1038/s41416-022-01842-2. Online ahead of print.
Comparative multi-tissue profiling reveals extensive tissue-specificity in transcriptome reprogramming during thermal adaptation
Hadadi N, Spiljar M, Steinbach K, Çolakoğlu M, Chevalier C, Salinas G, Merkler D, Trajkovski M.
Elife. 2022 May 17;11:e78556. doi: 10.7554/eLife.78556.
Calcium bursts allow rapid reorganization of EFhD2/Swip-1 cross-linked actin networks in epithelial wound closure
Lehne F, Pokrant T, Parbin S, Salinas G, Großhans J, Rust K, Faix J, Bogdan S.
Nat Commun 2022 May 6;13(1):2492. doi: 10.1038/s41467-022-30167-0.
IGF-1 Gene Transfer Modifies Inflammatory Environment and Gene Expression in the Caudate-Putamen of Aged Female Rat Brain
Falomir-Lockhart E, Dolcetti FJC, Herrera ML, Pennini J, Zappa Villar MF, Salinas G, Portiansky E, Spittau B, Lacunza E, Hereñú CB, Bellini MJ.
Mol Neurobiol. 2022 Jun;59(6):3337-3352. doi: 10.1007/s12035-022-02791-w. Epub 2022 Mar 19.
Toxicogenomic profiling after sublethal exposure to nerve- and muscle-targeting insecticides reveals cardiac and neuronal developmental effects in zebrafish embryos
Reinwald H, Alvincz J, Salinas G, Schäfers C, Hollert H, Eilebrecht S.
Chemosphere 2022 Mar;291(Pt 1):132746. doi: 10.1016/j.chemosphere.2021.132746.
Regenerative potential of epicardium-derived extracellular vesicles mediated by conserved miRNA transfer
Del Campo CV, Liaw NY, Gunadasa-Rohling M, Matthaei M, Braga L, Kennedy T, Salinas G, Voigt N, Giacca M, Zimmermann WH, Riley PR.
Cardiovasc Res. 2022 Jan 29;118(2):597-611. doi: 10.1093/cvr/cvab054.
A novel single-cell RNA-sequencing approach and its applicability connecting genotype to phenotype in ageing disease
Shomroni O, Sitte M, Schmidt J, Parbin S, Ludewig F, Yigit G, Zelarayan LC, Streckfuss-Bömeke K, Wollnik B, Salinas G
Sci Rep. 2022 Mar 8;12(1):4091. doi: 10.1038/s41598-022-07874-1.
Transcriptomic profiling of clobetasol propionate-induced immunosuppression in challenged zebrafish embryos
Essfeld F, Reinwald H, Salinas G, Schäfers C, Eilebrecht E, Eilebrecht S
Ecotoxicol Environ Saf 2022 Mar 15;233:113346. doi: 10.1016/j.ecoenv.2022.113346. Epub 2022 Feb 25.
The HIFα-Stabilizing Drug Roxadustat Increases the Number of Renal Epo-Producing Sca-1+ Cells
Jatho A, Zieseniss A, Brechtel-Curth K, Guo J, Böker KO, Salinas G, Wenger RH, Katschinski DM
Cells. 2022 Feb 21;11(4):753. doi: 10.3390/cells11040753.
2021
Transcriptome Analysis of Hypoxic Lymphatic Endothelial Cells Indicates Their Potential to Contribute to Extracellular Matrix Rearrangement
Becker J, Schwoch S, Zelent C, Sitte M, Salinas G, Wilting J
Cells. 2021 Apr 24;10(5).
Protein Signatures of NK Cell-Mediated Melanoma Killing Predict Response to Immunotherapies
Cappello S, Sung HM, Ickes C, Gibhardt CS, Vultur A, Bhat H, Hu Z, Brafford P, Denger A, Stejerean-Todoran I, Köhn RM, Lorenz V, Künzel N, Salinas G, Stanisz H, Legler T, Rehling P, Schön MP, Lang KS, Helms V, Herlyn M, Hoth M, Kummerow C, Bogeski I
Cancer Res 2021 Nov 1;81(21):5540-5554. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-21-0164. Epub 2021 Sep 13.
Investigations on the Degradation of the Bile Salt Cholate via the 9,10-Seco-Pathway Reveals the Formation of a Novel Recalcitrant Steroid Compound by a Side Reaction in Sphingobium sp. Strain Chol11
Feller FM, Eilebrecht S, Nedielkov R, Yücel O, Alvincz J, Salinas G, Ludwig KC, Möller H, Philipp B
Microorganisms 2021 Oct 14;9(10):2146. doi: 10.3390/microorganisms9102146.
Screening for potential targets to reduce stenosis in bioprosthetic heart valves
Foth R, Shomroni O, Sigler M, Hörer J, Cleuziou J, Paul T, Eildermann K
Sci Rep. 2021 Jan 28;11(1):2464. doi: 10.1038/s41598-021-81340-2.
Prdm12 modulates pain-related behavior by remodeling gene expression in mature nociceptors
Latragna A, Sabaté San José A, Tsimpos P, Vermeiren S, Gualdani R, Chakrabarti S, Callejo G, Desiderio S, Shomroni O, Sitte M, Kricha S, Luypaert M, Vanhollebeke B, Laumet G, Salinas G, Smith ESJ, Ris L, Bellefroid EJ
Pain 2021 Dec 24. doi: 10.1097/j.pain.0000000000002536. Epub ahead of print.
Restructuring of the male mice peripheral circadian network after bariatric surgery
Neumann AM, Geißler C, Pilorz V, Olejniczak I, Lewis AG, Seeley RJ, Shomroni O, Salinas-Riester G, Kirchner H, Oster H
J Endocrinol. 2021 Jun 28;250(2):67-79. doi: 10.1530/JOE-20-0611.
Toxicogenomic differentiation of functional responses to fipronil and imidacloprid in Daphnia magna
Pfaff J, Reinwald H, Ayobahan SU, Alvincz J, Göckener B, Shomroni O, Salinas G, Düring RA, Schäfers C, Eilebrecht S
Aquat Toxicol 2021 Jul 27;238:105927. doi: 10.1016/j.aquatox.2021.105927. Online ahead of print.
The Redox Homeostasis of Skeletal Muscle Cells Regulates Stage Differentiation of Toxoplasma gondii
Rahman MT, Swierzy IJ, Downie B, Salinas G, Blume M, McConville MJ, Lüder CGK
Front Cell Infect Microbiol 2021 Nov 22;11:798549. doi: 10.3389/fcimb.2021.798549. eCollection 2021.
Toxicogenomic fin(ger)prints for thyroid disruption AOP refinement and biomarker identification in zebrafish embryos
Reinwald H, König A, Ayobahan SU, Alvincz J, Sipos L, Göckener B, Böhle G, Shomroni O, Hollert H, Salinas G, Schäfers C, Eilebrecht E, Eilebrecht S
Sci Total Environ 2021 Mar 15;760:143914. doi: 10.1016/j.scitotenv.2020.143914. Epub 2020 Dec 10.
Biallelic variants in YRDC cause a developmental disorder with progeroid features
Schmidt J, Goergens J, Pochechueva T, Kotter A, Schwenzer N, Sitte M, Werner G, Altmüller J, Thiele H, Nürnberg P, Isensee J, Li Y, Müller C, Leube B, Reinhardt HC, Hucho T, Salinas G, Helm M, Jachimowicz RD, Wieczorek D, Kohl T, Lehnart SE, Yigit G, Wollnik B
Hum Genet 2021 Sep 20. doi: 10.1007/s00439-021-02347-3. Epub ahead of print.
Differences in synaptic vesicle pool behavior between male and female hippocampal cultured neurons
Sertel SM, Blumenstein W, Mandad S, Shomroni O, Salinas G, Rizzoli SO
Sci Rep 2021 Aug 30;11(1):17374. doi: 10.1038/s41598-021-96846-y.
The folate antagonist methotrexate diminishes replication of the coronavirus SARS-CoV-2 and enhances the antiviral efficacy of remdesivir in cell culture models
Stegmann KM, Dickmanns A, Gerber S, Nikolova V, Klemke L, Manzini V, Schlösser D, Bierwirth C, Freund J, Sitte M, Lugert R, Salinas G, Meister TL, Pfaender S, Görlich D, Wollnik B, Groß U, Dobbelstein M
Virus Res 2021 Jun 3:198469. doi: 10.1016/j.virusres.2021.198469. Epub ahead of print.
CHARGE syndrome and related disorders: A mechanistic link
Ufartes R, Grün R, Salinas G, Sitte M, Kahl F, Wong MTY, van Ravenswaaij-Arts CMA, Pauli S
Hum Mol Genet 2021 Jul 6:ddab183. doi: 10.1093/hmg/ddab183. Epub ahead of print.
Post-transcriptional regulation by the exosome complex is required for cell survival and forebrain development via repression of P53 signaling
Ulmke PA, Xie Y, Sokpor G, Pham L, Shomroni O, Berulava T, Rosenbusch J, Basu U, Fischer A, Nguyen HP, Staiger JF, Tuoc T
Development. 2021 Feb 8;148(3):dev188276. doi: 10.1242/dev.188276.
Regenerative potential of epicardium-derived extracellular vesicles mediated by conserved miRNA transfer
Villa Del Campo C, Liaw NY, Gunadasa-Rohling M, Matthaei M, Braga L, Kennedy T, Salinas G, Voigt N, Giacca M, Zimmermann WH, Riley PR
Cardiovasc Res. 2021 Feb 18:cvab054. doi: 10.1093/cvr/cvab054. Epub ahead of print.
Transmitted resistance in HIV-1 of patients from nine departments of Peru
Yabar CA, Vilcarino GF, Espetia S, Yaya MG, Salinas G, García-Fernández L, Vásquez Becerra RD, Benites C, Santos-Anaya D, Mamani E, Acuña M, Romero S, Cárdenas F
Rev Peru Med Exp Salud Publica 2021 Jan-Mar;38(1):77-82. doi: 10.17843/rpmesp.2021.381.5527. Epub 2021 Jun 25.
EVL regulates VEGF receptor-2 internalization and signaling in developmental angiogenesis
Zink J, Frye M, Frömel T, Carlantoni C, John D, Schreier D, Weigert A, Laban H, Salinas G, Stingl H, Günther L, Popp R, Hu J, Vanhollebeke B, Schmidt H, Acker-Palmer A, Renné T, Fleming I, Benz PM
EMBO Rep 2021 Feb 3;22(2):e48961. doi: 10.15252/embr.201948961. Epub 2021 Jan 29.
2020
SUMOylation controls the neurodevelopmental function of the transcription factor Zbtb20
Ripamonti S, Shomroni O, Rhee JS, Chowdhury K, Jahn O, Hellmann KP, Bonn S, Brose N, Tirard M
J Neurochem 2020 Sep;154(6):647-661. doi: 10.1111/jnc.15008. Epub 2020 Apr 16.
Maturational Changes in Mouse Cutaneous Touch and Piezo2-Mediated Mechanotransduction
Michel N, Narayanan P, Shomroni O, Schmidt M
Cell Rep 2020 Jul 21;32(3):107912. doi: 10.1016/j.celrep.2020.107912.
Long-term effects of empagliflozin on excitation-contraction-coupling in human induced pluripotent stem cell cardiomyocytes
Pabel S, Reetz F, Dybkova N, Shomroni O, Salinas G, Mustroph J, Hammer KP, Hasenfuss G, Hamdani N, Maier LS, Streckfuss-Bömeke K, Sossalla S
J Mol Med 2020 Oct 9. [Epub ahead of print]
Motor neuron translatome reveals deregulation of SYNGR4 and PLEKHB1 in mutant TDP-43 amyotrophic lateral sclerosis models
Marques RF, Engler JB, Küchler K, Jones RA, Lingner T, Salinas G, Gillingwater TH, Friese MA, Duncan KE
Hum Mol Genet 2020 Jul 7:ddaa140. doi: 10.1093/hmg/ddaa140. Online ahead of print.
Characterization of circulating breast cancer cells with tumorigenic and metastatic capacity
Koch C, Kuske A, Joosse SA, Yigit G, Sflomos G, Thaler S, Smit DJ, Werner S, Borgmann K, Gärtner S, Mossahebi Mohammadi P, Battista L, Cayrefourcq L, Altmüller J, Salinas-Riester G, Raithatha K, Zibat A, Goy Y, Ott L, Bartkowiak K, Tan TZ, Zhou Q, Speicher MR, Müller V, Gorges TM, Jücker M, Thiery JP, Brisken C, Riethdorf S, Alix-Panabières C, Pantel K.
EMBO Mol Med 2020 Jul 15:e11908. doi: 10.15252/emmm.201911908. Online ahead of print.
Intronic CRISPR Repair in a Preclinical Model of Noonan Syndrome-Associated Cardiomyopathy
Hanses U, Kleinsorge M, Roos L, Yigit G, Li Y, Barbarics B, El-Battrawy I, Lan H, Tiburcy M, Hindmarsh R, Lenz C, Salinas G, Diecke S, Müller C, Adham I, Altmüller J, Nürnberg P, Paul T, Zimmermann WH, Hasenfuss G, Wollnik B, Cyganek L.
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DNA Methylation-Mediated Modulation of Endocytosis as Potential Mechanism for Synaptic Function Regulation in Murine Inhibitory Cortical Interneurons
Pensold D, Reichard J, Van Loo KMJ, Ciganok N, Hahn A, Bayer C, Liebmann L, Groß J, Tittelmeier J, Lingner T, Salinas-Riester G, Symmank J, Halfmann C, González-Bermúdez L, Urbach A, Gehrmann J, Costa I, Pieler T, Hübner CA, Vatter H, Kampa B, Becker AJ, Zimmer-Bensch G.
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IgG Fc sialylation is regulated during the germinal center reaction upon immunization with different adjuvants
Bartsch YC, Eschweiler S, Leliavski A, Lunding HB, Wagt S, Petry J, Lilienthal GM, Rahmöller J, de Haan N, Hölscher A, Erapaneedi R, Giannou AD, Aly L, Sato R, de Neef LA, Winkler A, Braumann D, Hobusch J, Kuhnigk K, Krémer V, Steinhaus M, Blanchard V, Gemoll T, Habermann JK, Collin M, Salinas G, Manz RA, Fukuyama H, Korn T, Waisman A, Yogev N, Huber S, Rabe B, Rose-John S, Busch H, Berberich-Siebelt F, Hölscher C, Wuhrer M, Ehlers M.
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De novo mutations in FBRSL1 cause a novel recognizable malformation and intellectual disability syndrome
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Diversity of Clinically Relevant Outcomes Resulting from Hypofractionated Radiation in Human Glioma Stem Cells Mirrors Distinct Patterns of Transcriptomic Changes
Kalasauskas D, Sorokin M, Sprang B, Elmasri A, Viehweg S, Salinas G, Opitz L, Rave-Fraenk M, Schulz-Schaeffer W, Kantelhardt SR, Giese A, Buzdin A, Kim EL
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Ammonium acts systemically while nitrate exerts an additional local effect on Medicago truncatula nodules
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Increased presence and differential molecular imprinting of transit amplifying cells in psoriasis
Witte K, Jürchott K, Christou D, Hecht J, Salinas G, Krüger U, Klein O, Kokolakis G, Witte-Händel E, Mössner R, Volk HD, Wolk K, Sabat R
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CRISPR-Mediated Activation of Endogenous Gene Expression in the Postnatal Heart
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Nuclear Pre-snRNA Export Is an Essential Quality Assurance Mechanism for Functional Spliceosomes
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Bassoon proteinopathy drives neurodegeneration in multiple sclerosis
Schattling B, Engler JB, Volkmann C, Rothammer N, Woo MS, Petersen M, Winkler I, Kaufmann M, Rosenkranz SC, Fejtova A, Thomas U, Bose A, Bauer S, Träger S, Miller KK, Brück W, Duncan KE, Salinas G, Soba P, Gundelfinger ED, Merkler D, Friese MA.
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Expression of the DNA-Binding Factor TOX Promotes the Encephalitogenic Potential of Microbe-Induced Autoreactive CD8+ T Cells
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The IL-1 Pathway Is Hyperactive in Hidradenitis Suppurativa and Contributes to Skin Infiltration and Destruction
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PI3K: A master regulator of brain metastasis-promoting macrophages/microglia
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Neurons under T Cell Attack Coordinate Phagocyte-Mediated Synaptic Stripping
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Protein arginine methyltransferase 6 controls erythroid gene expression and differentiation of human CD34+ progenitor cells
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Expression of the DNA-Binding Factor TOX Promotes the Encephalitogenic Potential of Microbe-Induced Autoreactive CD8+ T Cells
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The DNA Methyltransferase 1 (DNMT1) Controls the Shape and Dynamics of Migrating POA-Derived Interneurons Fated for the Murine Cerebral Cortex.
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Histone deacetylase inhibitor MS-275 augments expression of a subset of IFN-γ-regulated genes in Toxoplasma gondii-infected macrophages but does not improve parasite control
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The Cannabinoid CB1/CB2 Agonist WIN55212.2 Promotes Oligodendrocyte Differentiation In Vitro and Neuroprotection During the Cuprizone-Induced Central Nervous System Demyelination
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Social defeat leads to changes in the endocannabinoid system: An overexpression of calreticulin and motor impairment in mice
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CD14 is a key organizer of microglial responses to CNS infection and injury
Janova H, Böttcher C, Holtman IR, Regen T, van Rossum D, Götz A, Ernst AS, Fritsche C, Gertig U, Saiepour N, Gronke K, Wrzos C, Ribes S, Rolfes S, Weinstein J, Ehrenreich H, Pukrop T, Kopatz J, Stadelmann C, Salinas-Riester G, Weber MS, Prinz M, Brück W, Eggen BJ, Boddeke HW, Priller J, Hanisch UK.
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Microarray analysis of circulating micro RNAs in the serum of patients with polymyositis and dermatomyositis reveals a distinct disease expression profile and is associated with disease activity
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SMRT sequencing of the Campylobacter coli BfR-CA-9557 genome sequence reveals unique methylation motifs
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Thymocyte-derived BDNF influences T-cell maturation at the DN3/DN4 transition stage
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Sensing Cardiac Electrical Activity With a Cardiac Myocyte-Targeted Optogenetic Voltage Indicator
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The oxidative demethylase ALKBH3 marks hyperactive gene promoters in human cancer cells
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Thymocyte-derived BDNF influences T-cell maturation at the DN3/DN4 transition stage
Linker RA, Lee DH, Flach AC, Litke T, van den Brandt J, Reichardt HM, Lingner T, Bommhardt U, Sendtner M, Gold R, Flügel A, Lühder F.
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Destabilization of pluripotency in the absence of Mad2l2
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Overexpression of mutant Ptch in rhabdomyosarcomas is associated with promoter hypomethylation and increased Gli1 and H3K4me3 occupancy
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Non-viral generation of marmoset monkey iPS cells by a six-factor-in-one-vector approach
Debowski K, Warthemann R, Lentes J, Salinas-Riester G, Dressel R, Langenstroth D, Gromoll J, Sasaki E, Behr R.
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mRNA profiling reveals determinants of trastuzumab efficiency in HER2-positive breast cancer
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Integrated miRNA and mRNA profiling of tumor-educated macrophages identifies prognostic subgroups in estrogen receptor-positive breast cancer
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