AG Salinas

Dr. Gabriela Salinas
Arbeitsgruppenleiterin
gsalina@gwdg.de

Jacqueline Fink
Technische Assistentin
jacqueline.fink@med.uni-goettingen.de

Fabian Ludewig
Technischer Assistent
fabian.ludewig@med.uni-goettingen.de

Susanne Luthin
Technische Assistentin
sluthin@gwdg.de

Sabnam Parbin
PostDoktorandin
sabnam.parbin@med.uni-goettingen.de

Dr. Orr Shomroni
Bioinformatiker
orr.shomroni@med.uni-goettingen.de

Dr. Maren Sitte
Bioinformatikerin
maren.sitte@med.uni-goettingen.de

Schwerpunkte

Projekte

Publikationen

Schwerpunkte

Die Hochdurchsatzsequenzierung (Next-Generation Sequencing, NGS) hat sich mittlerweile als Technologie fest etabliert und wird für Analysen in verschiedensten Forschungsanwendungen in allen Bereichen der Lebenswissenschaften eingesetzt. Dies gilt auch für den klinischen Kontext, wo sie die Diagnostik vereinfacht und Therapieansätze auf Grundlage der personalisierten Medizin ermöglicht. Gleichzeitig wirft sie neue technologische, rechtliche und ethische Fragen auf, die es zu beantworten gilt.

Das Ziel unserer Forschungsgruppe ist es, den Zugang zu den neuesten und modernsten NGS-Technologien, Methoden und Plattformen zu erleichtern und unsere KooperationspartnerInnen und NutzerInnen mit unserer umfassenden bioinformatischen Expertise auf ihrem Weg zu zuverlässigen Forschungsergebnissen zu unterstützen.

Die in unseren Forschungsprojekten erzielten Ergebnisse und Fortschritte nutzen wir auch, um die Ressourcen und Leistungen kontinuierlich zu verbessern und zu erweitern, die wir im Rahmen von NIG, der NGS-Serviceeinrichtung für Integrative Genomik der Universitätsmedizin Göttingen, anbieten.

Projekte

Entwicklung einer neuartigen scRNA-Seq-Plattform aus CellenONE X1 und ICELL8

NGS-basierte Technologien für genomische, transkriptomische und epigenomische Fragestellungen fokussieren sich zunehmend auf die Charakterisierung einzelner Zellen. Mittels Einzelzellsequenzierung (single-cell sequencing, SCS) lassen sich komplexe heterogene Zellpopulationen und regulatorische Beziehungen zwischen Zellarten entschlüsseln und der Entwicklungsweg spezifischer Zellsubtypen in einem Gewebe nachverfolgen. Dies sind auch wesentliche Fragestellungen in verschiedenen Projekten des SFB1002 an der UMG, der erforscht, wie sich Krankheitszustände, Behandlungsstrategien und zielgerichtete Modulationen auf verschiedene Zellpopulationen des Herzens bei Erkrankungen des Menschen und im Tiermodell auswirken.

Unsere Gruppe arbeitet an der Entwicklung von Plattformen für Einzelzell-NGS mit dem Ziel, die Isolierung von Einzelzellen, also den ersten und kritischen Schritt, zu verbessern. Durch den Einsatz des CellenONE X1 zur Zellisolierung erreichen wir eine Dispensierung von Zellen mit hoher Effizienz (nahezu 100 %), hoher Überlebensrate, hoher Präzision, im Hochdurchsatz und mit guter Dokumentation und Visualisierung der isolierten Zellen.

Für den Hochdurchsatz werden Einzelzellen vom CellenONE X1 auf eine 5184-Well-Platte von Takara dispensiert, die ICELL8-Platte mit oder ohne Label-Indexing je nach erforderlicher Library-Erstellung (voll automatisiert). Drei unterschiedliche Protokolle stehen zur scRNA-Seq zur Verfügung: a) ein 3‘ end basierter Ansatz, b) ein Ansatz zur Full-Length-mRNA-Seq und c) ein Gesamt-RNA-Seq-Ansatz mit der SMART-Technologie von Takara. Das System ermöglicht die Durchführung sowohl von DNA-Sequenzierungsmethoden als auch von Nextera-basierten Libraries (ATAC-Seq).

Direkte RNA-Seq mittels Oxford-Nanopore-Technologie

Der MinION-Sequencer ist ein portabler Long-Read-Sequencer. Nach mehreren Updates liegt seine Sequenziergenauigkeit nun bei über 90 % und die erwartete Anzahl an Reads je Durchflusszelle beträgt mehrere Hunderttausend pro Durchflusszelle. Die Read-Länge wurde ebenfalls verbessert und erreicht eine N50-Read-Länge von über 100 kb. Aktuell testen wir die Anwendung des MinION zur RNA-Seq mit einer R7.3 MionION Durchflusszelle und zur Einzelzell-RNA-Seq mit R7.3- und 9.4-Durchflusszellen.

In-situ-RNA-Sequenzierung mit Erhalt der räumlichen Information

Bei dieser Technik handelt es sich um einen innovativen Ansatz, mit dem sich Informationen zum Einzellzell-Transkriptom oder zur hoch-multiplexen Genexpression für die Analyse von Geweben oder klinischen Proben (Biopsien) gewinnen lassen, ohne dass Protokolle zur Gewebedissoziation erforderlich werden. Dies stellt insbesondere für klinische Forschungsarbeiten eine technologische Umwälzung dar.

Protokolle in der Etablierung

Derzeit befinden sich die folgenden Protokolle in der Etablierung:

  1. Kern-Isolierung für Einzelkern-RNA-Seq (SNS) für ICELL8
  2. Kern-Isolierung für Einzelkern-RNA-Seq (SNS) für 10 x Genomics
  3. Ansätze zur Einzelzell-Gesamt-RNA-Seq

Deep learning techniques for association studies of transcriptome and systems dynamics in tissue morphogenesis

In dieser Initiative arbeiten WissenschaftlerInnen aus Informationstheorie, Theoretischer Neurowissenschaft, Transkriptomik sowie Zell- und Entwicklungsbiologie zusammen, um erstmals Bildgebungs- und Expressionsdaten zu kombinieren und so die Zusammenhänge zwischen der Genexpression einzelner Zellen und dem Verhalten von Zellverbünden zu verstehen. Ziel ist die Automatisierung der dynamischen Geweberekonstruktion aus großflächigen Live-Bildgebungsdaten mittels Deep-Learning für die Echtzeit-Identifikation von Einzelzellen an Schlüsselstellen des Embryos und deren transkriptomischer Analyse.

Das Projekt wird im Rahmen der Ausschreibung „Big Data in den Lebenswissenschaften der Zukunft“ des Niedersächsischen Ministeriums für Wissenschaft und Kultur (MWK) und der VolkswagenStiftung gefördert.

KFO 5002 „Charakterisierung und Targeting der Genomdynamik für eine Subtyp-spezifische Therapie des Pankreaskarzinoms“

Zentrales Projekt CP2

Im Rahmen der DFG-geförderten Klinischen Forschergruppe KFO 5002 ist die Biomedical Informatics Support Platform (BISP) von CP2 für die Bereitstellung von IT-Strukturen, bioinformatischen Methoden und Pipelines zur Speicherung, Analyse und Integration der zahlreichen in SP1-7 und CP1 generierten phänotypischen, genomischen und funktionalen Daten verantwortlich. Darüber hinaus werden die Daten der KFO im Rahmen der im MolPAC-Programm gesammelten, umfassenden klinischen Parameter zusammengeführt und analysiert. In diesem Zentral-Projekt werden Next-Generation-Sequencing-Studien und Transkriptomanalysen auf einer zentralen Plattform für alle im gesamten Konsortium erforderlichen Genomanalysen sowie für in CP1 etablierte translationale PDAC-Modelle durchgeführt. CP2 bietet allen wissenschaftlichen Teilprojekten statistische Beratung für die sinnvolle Planung und Durchführung ihrer genomischen Experimente an. CP2 ist verantwortlich für die Durchführung umfassender bioinformatischer Analysen und die qualifizierte Interpretation genomischer Daten. CP2 integriert die in der KFO 5002 gesammelten molekularen Subtypisierungsdaten mit veröffentlichten Daten der PDAC-Subtypisierung und unterstützt CP1 beim Vergleich von PDAC-PDX-Modellen und Organoiden hinsichtlich der Konsistenz der molekularen Subtypen in diesen Modellen.

SFB 1002 „Modulatorische Einheiten bei Herzinsuffizienz“

Der von der DFG geförderte Sonderforschungsbereich (SFB) 1002 will Details und Zusammenhänge bei der Volkskrankheit Herzschwäche („Herzinsuffizienz“) noch besser verstehen. Das Ziel der SFB-Forscher sind neue Verfahren für eine wirksamere Behandlung der Herzschwäche. Dazu untersuchen sie ausgesuchte Signalwege, die die Kommunikation zwischen den unterschiedlichen Zellen im Herzen sowie kleinster Funktionseinheiten in Herzzellen, sogenannter funktionelle Mikrodomänen, herstellen und bei der Entstehung der Herzschwäche eine Rolle spielen.

Publikationen AG Salinas

2020

2019

2018

2017

2016

2015 und früher

2020

Long-term effects of empagliflozin on excitation-contraction-coupling in human induced pluripotent stem cell cardiomyocytes
Pabel S, Reetz F, Dybkova N, Shomroni O, Salinas G, Mustroph J, Hammer KP, Hasenfuss G, Hamdani N, Maier LS, Streckfuss-Bömeke K, Sossalla S
J Mol Med 2020 Oct 9. [Epub ahead of print]

Motor neuron translatome reveals deregulation of SYNGR4 and PLEKHB1 in mutant TDP-43 amyotrophic lateral sclerosis models
Marques RF, Engler JB, Küchler K, Jones RA, Lingner T, Salinas G, Gillingwater TH, Friese MA, Duncan KE
Hum Mol Genet 2020 Jul 7:ddaa140. doi: 10.1093/hmg/ddaa140. Online ahead of print.

Characterization of circulating breast cancer cells with tumorigenic and metastatic capacity
Koch C, Kuske A, Joosse SA, Yigit G, Sflomos G, Thaler S, Smit DJ, Werner S, Borgmann K, Gärtner S, Mossahebi Mohammadi P, Battista L, Cayrefourcq L, Altmüller J, Salinas-Riester G, Raithatha K, Zibat A, Goy Y, Ott L, Bartkowiak K, Tan TZ, Zhou Q, Speicher MR, Müller V, Gorges TM, Jücker M, Thiery JP, Brisken C, Riethdorf S, Alix-Panabières C, Pantel K.
EMBO Mol Med 2020 Jul 15:e11908. doi: 10.15252/emmm.201911908. Online ahead of print.

Intronic CRISPR Repair in a Preclinical Model of Noonan Syndrome-Associated Cardiomyopathy
Hanses U, Kleinsorge M, Roos L, Yigit G, Li Y, Barbarics B, El-Battrawy I, Lan H, Tiburcy M, Hindmarsh R, Lenz C, Salinas G, Diecke S, Müller C, Adham I, Altmüller J, Nürnberg P, Paul T, Zimmermann WH, Hasenfuss G, Wollnik B, Cyganek L.
Circulation. 2020 Jul 6. doi: 10.1161/CIRCULATIONAHA.119.044794. Online ahead of print.

DNA Methylation-Mediated Modulation of Endocytosis as Potential Mechanism for Synaptic Function Regulation in Murine Inhibitory Cortical Interneurons
Pensold D, Reichard J, Van Loo KMJ, Ciganok N, Hahn A, Bayer C, Liebmann L, Groß J, Tittelmeier J, Lingner T, Salinas-Riester G, Symmank J, Halfmann C, González-Bermúdez L, Urbach A, Gehrmann J, Costa I, Pieler T, Hübner CA, Vatter H, Kampa B, Becker AJ, Zimmer-Bensch G.
Cereb Cortex 2020 Jun 1;30(7):3921-3937. doi: 10.1093/cercor/bhaa009.

IgG Fc sialylation is regulated during the germinal center reaction upon immunization with different adjuvants
Bartsch YC, Eschweiler S, Leliavski A, Lunding HB, Wagt S, Petry J, Lilienthal GM, Rahmöller J, de Haan N, Hölscher A, Erapaneedi R, Giannou AD, Aly L, Sato R, de Neef LA, Winkler A, Braumann D, Hobusch J, Kuhnigk K, Krémer V, Steinhaus M, Blanchard V, Gemoll T, Habermann JK, Collin M, Salinas G, Manz RA, Fukuyama H, Korn T, Waisman A, Yogev N, Huber S, Rabe B, Rose-John S, Busch H, Berberich-Siebelt F, Hölscher C, Wuhrer M, Ehlers M.
J Allergy Clin Immunol 2020 May 20:S0091-6749(20)30728-4. doi: 10.1016/j.jaci.2020.04.059.

De novo mutations in FBRSL1 cause a novel recognizable malformation and intellectual disability syndrome
Ufartes R, Berger H, Till K, Salinas G, Sturm M, Altmüller J, Nürnberg P, Thiele H, Funke R, Apeshiotis N, Langen H, Wollnik B, Borchers A, Pauli S.
Hum Genet. 2020 May 18.

Inhibition of the autophagic protein ULK1 attenuates axonal degeneration in vitro and in vivo, enhances translation, and modulates splicing
Vahsen BF, Ribas VT, Sundermeyer J, Boecker A, Dambeck V, Lenz C, Shomroni O, Caldi Gomes L, Tatenhorst L, Barski E, Roser AE, Michel U, Urlaub H, Salinas G, Bähr M, Koch JC, Lingor P
Cell Death Differ 2020 Apr 27. doi: 10.1038/s41418-020-0543-y. [Epub ahead of print]

Diversity of Clinically Relevant Outcomes Resulting from Hypofractionated Radiation in Human Glioma Stem Cells Mirrors Distinct Patterns of Transcriptomic Changes
Kalasauskas D, Sorokin M, Sprang B, Elmasri A, Viehweg S, Salinas G, Opitz L, Rave-Fraenk M, Schulz-Schaeffer W, Kantelhardt SR, Giese A, Buzdin A, Kim EL
Cancers (Basel) 2020 Mar 1;12(3). pii: E570. doi: 10.3390/cancers12030570.

Ammonium acts systemically while nitrate exerts an additional local effect on Medicago truncatula nodules
Schulze J, Liese R, Ballesteros G, Casieri L, Salinas G, Cabeza RA
Plant Sci. 2020 Mar;292:110383. doi: 10.1016/j.plantsci.2019.110383. Epub 2019 Dec 19.

Increased presence and differential molecular imprinting of transit amplifying cells in psoriasis
Witte K, Jürchott K, Christou D, Hecht J, Salinas G, Krüger U, Klein O, Kokolakis G, Witte-Händel E, Mössner R, Volk HD, Wolk K, Sabat R
J Mol Med 2020 Jan;98(1):111-122. doi: 10.1007/s00109-019-01860-3. Epub 2019 Dec 12.

CRISPR-Mediated Activation of Endogenous Gene Expression in the Postnatal Heart
Schoger E, Carroll KJ, Iyer LM, McAnally JR, Tan W, Liu N, Noack C, Shomroni O, Salinas G, Groß J, Herzog N, Doroudgar S, Bassel-Duby R, Zimmermann WH, Zelarayán LC
Circ Res. 2020 Jan 3;126(1):6-24. doi: 10.1161/CIRCRESAHA.118.314522. Epub 2019 Nov 15.

2019

Sleep Loss Disrupts Morning-to-Evening Differences in Human White Adipose Tissue Transcriptome
Wilms B, Leineweber EM, Mölle M, Chamorro R, Pommerenke C, Salinas-Riester G, Sina C, Lehnert H, Oster H, Schmid SM.
J Clin Endocrinol Metab. 2019 May 1;104(5):1687-1696.

Nuclear Pre-snRNA Export Is an Essential Quality Assurance Mechanism for Functional Spliceosomes
Becker D, Hirsch AG, Bender L, Lingner T, Salinas G, Krebber H.
Cell Rep. 2019 Jun 11;27(11):3199-3214.e3.

Bassoon proteinopathy drives neurodegeneration in multiple sclerosis
Schattling B, Engler JB, Volkmann C, Rothammer N, Woo MS, Petersen M, Winkler I, Kaufmann M, Rosenkranz SC, Fejtova A, Thomas U, Bose A, Bauer S, Träger S, Miller KK, Brück W, Duncan KE, Salinas G, Soba P, Gundelfinger ED, Merkler D, Friese MA.
Nat Neurosci. 2019 Jun;22(6):887-896.

Expression of the DNA-Binding Factor TOX Promotes the Encephalitogenic Potential of Microbe-Induced Autoreactive CD8+ T Cells
Page N, Klimek B, De Roo M, Steinbach K, Soldati H, Lemeille S, Wagner I, Kreutzfeldt M, Di Liberto G, Vincenti I, Lingner T, Salinas G, Brück W, Simons M, Murr R, Kaye J, Zehn D, Pinschewer DD, Merkler D.
Immunity. 2019 Mar 19;50(3):763.

The IL-1 Pathway Is Hyperactive in Hidradenitis Suppurativa and Contributes to Skin Infiltration and Destruction
Witte-Händel E, Wolk K, Tsaousi A, Irmer ML, Mößner R, Shomroni O, Lingner T, Witte K, Kunkel D, Salinas G, Jodl S, Schmidt N, Sterry W, Volk HD, Giamarellos-Bourboulis EJ, Pokrywka A, Döcke WD, Schneider-Burrus S, Sabat R.
J Invest Dermatol. 2019 Jun;139(6):1294-1305.

2018

IL-12 and IL-15 induce the expression of CXCR6 and CD49a on peripheral natural killer cells
Hydes T, Noll A, Salinas-Riester G, Abuhilal M, Armstrong T, Hamady Z, Primrose J, Takhar A, Walter L, Khakoo SI.
Immun Inflamm Dis. 2018 Mar;6(1):34-46.

PI3K: A master regulator of brain metastasis-promoting macrophages/microglia
Blazquez R, Wlochowitz D, Wolff A, Seitz S, Wachter A, Perera-Bel J, Bleckmann A, Beißbarth T, Salinas G, Riemenschneider MJ, Proescholdt M, Evert M, Utpatel K, Siam L, Schatlo B, Balkenhol M, Stadelmann C, Schildhaus HU, Korf U, Reinz E, Wiemann S, Vollmer E, Schulz M, Ritter U, Hanisch UK, Pukrop T.
Glia. 2018 Nov;66(11):2438-2455.

Immortalization of common marmoset monkey fibroblasts by piggyBac transposition of hTERT
Petkov S, Kahland T, Shomroni O, Lingner T, Salinas G, Fuchs S, Debowski K, Behr R.
PLoS One. 2018 Sep 27;13(9):e0204580. doi: 10.1371/journal.pone.0204580. eCollection 2018.

Neurons under T Cell Attack Coordinate Phagocyte-Mediated Synaptic Stripping
Di Liberto G, Pantelyushin S, Kreutzfeldt M, Page N, Musardo S, Coras R, Steinbach K, Vincenti I, Klimek B, Lingner T, Salinas G, Lin-Marq N, Staszewski O, Costa Jordão MJ, Wagner I, Egervari K, Mack M, Bellone C, Blümcke I, Prinz M, Pinschewer DD, Merkler D.
Cell. 2018 Oct 4;175(2):458-471.e19.

Deep phenotyping of human induced pluripotent stem cell-derived atrial and ventricular cardiomyocytes
Cyganek L, Tiburcy M, Sekeres K, Gerstenberg K, Bohnenberger H, Lenz C, Henze S, Stauske M, Salinas G, Zimmermann WH, Hasenfuss G, Guan K.
JCI Insight. 2018 Jun 21;3(12). pii: 99941.

Protein arginine methyltransferase 6 controls erythroid gene expression and differentiation of human CD34+ progenitor cells
Herkt SC, Kuvardina ON, Herglotz J, Schneider L, Meyer A, Pommerenke C, Salinas-Riester G, Seifried E, Bonig H, Lausen J.
Haematologica. 2018 Jan;103(1):18-29

Expression of the DNA-Binding Factor TOX Promotes the Encephalitogenic Potential of Microbe-Induced Autoreactive CD8+ T Cells
Page N, Klimek B, De Roo M, Steinbach K, Soldati H, Lemeille S, Wagner I, Kreutzfeldt M, Di Liberto G, Vincenti I, Lingner T, Salinas G, Brück W, Simons M, Murr R, Kaye J, Zehn D, Pinschewer DD, Merkler D.
Immunity. 2018 May 15;48(5):937-950.e8.

Epithelial-Mesenchymal Transition during Metastasis of HPV-Negative Pharyngeal Squamous Cell Carcinoma
Ihler F, Gratz R, Wolff HA, Weiss BG, Bertlich M, Kitz J, Salinas G, Rave-Fränk M, Canis M.
Biomed Res Int. 2018 Mar 6;2018:7929104.

Effects of repeated long-term psychosocial stress and acute cannabinoid exposure on mouse corticostriatal circuitries: Implications for neuropsychiatric disorders
Tomas-Roig J, Piscitelli F, Gil V, Quintana E, Ramió-Torrentà LL, Del Río JA, Moore TP, Agbemenyah H, Salinas G, Pommerenke C, Lorenzen S, Beißbarth T, Hoyer-Fender S, Di Marzo V, Havemann-Reinecke U.
CNS Neurosci Ther. 2018 Jun;24(6):528-538.

2017

The DNA Methyltransferase 1 (DNMT1) Controls the Shape and Dynamics of Migrating POA-Derived Interneurons Fated for the Murine Cerebral Cortex.
Pensold D, Symmank J, Hahn A, Lingner T, Salinas-Riester G, Downie BR, Ludewig F, Rotzsch A, Haag N, Andreas N, Schubert K, Hübner CA, Pieler T, Zimmer G.
Cereb Cortex. 2017 Dec 1;27(12):5696-5714.

Hepatic gene therapy rescues high-fat diet responses in circadian Clock mutant mice
Meyer-Kovac J, Kolbe I, Ehrhardt L, Leliavski A, Husse J, Salinas G, Lingner T, Tsang AH, Barclay JL, Oster H.
Mol Metab. 2017 Mar 29;6(6):512-523.

The adaptation of colorectal cancer cells when forming metastases in the liver: expression of associated genes and pathways in a mouse model
BBocuk D, Wolff A, Krause P, Salinas G, Bleckmann A, Hackl C, Beissbarth T, Koenig S.
BMC Cancer. 2017 May 19;17(1):342.

The β-catenin/CBP-antagonist ICG-001 inhibits pediatric glioma tumorigenicity in a Wnt-independent manner
Wiese M, Walther N, Diederichs C, Schill F, Monecke S, Salinas G, Sturm D, Pfister SM, Dressel R, Johnsen SA, Kramm CM.
Oncotarget. 2017 Apr 18;8(16):27300-27313.

Histone deacetylase inhibitor MS-275 augments expression of a subset of IFN-γ-regulated genes in Toxoplasma gondii-infected macrophages but does not improve parasite control
Sumpf K, Nast R, Downie B, Salinas G, Lüder CG.
Exp Parasitol. 2017 Feb 9. pii: S0014-4894(17)30083-8.

2016

mRNA quality control is bypassed for immediate export of stress-responsive transcripts
Zander G, Hackmann A, Bender L, Becker D, Lingner T, Salinas G, Krebber H.
Nature. 2016 Dec 12.

The functional readthrough extension of malate dehydrogenase reveals a modification of the genetic code
Hofhuis J, Schueren F, Nötzel C, Lingner T, Gärtner J, Jahn O, Thoms S.
Open Biol. 2016 Nov;6(11).

Pre-Infection Transcript Levels of FAM26F in PBMCS Inform about Overall Plasma Viral Load in Acute and Postacute Phase after SIV-Infection
Javed A, Leuchte N, Salinas G, Opitz L, Stahl-Hennig C, Sopper S, Sauermann U.
J Gen Virol. 2016 Oct 18.

Identification of New Fungal Peroxisomal Matrix Proteins and Revision of the PTS1 Consensus
Nötzel C, Lingner T, Klingenberg H, Thoms S.
Traffic. 2016 Oct;17(10):1110-24

Arc/Arg3.1 governs inflammatory dendritic cell migration from the skin and thereby controls T cell activation
Ufer F, Vargas P, Engler JB, Tintelnot J, Schattling B, Winkler H, Bauer S, Kursawe N, Willing A, Keminer O, Ohana O, Salinas-Riester G, Pless O, Kuhl D, Friese MA.
Sci Immunol. 2016 Sep 23;1(3):eaaf8665.

Treatment of prostate cancer cells with S-adenosylmethionine leads to genome-wide alterations in transcription profiles
Schmidt T, Leha A, Salinas-Riester G.
Gene. 2016 Sep 26. pii: S0378 1119(16)30770-3

The SCN Clock Governs Circadian Transcription Rhythms in Murine Epididymal White Adipose Tissue
Kolbe I, Husse J, Salinas G, Lingner T, Astiz M, Oster H.
J Biol Rhythms. 2016 Sep 20. pii: 0748730416666170

Effects of Long-Term Environmental Enrichment on Anxiety, Memory, Hippocampal Plasticity and Overall Brain Gene Expression in C57BL6 Mice
Hüttenrauch M, Salinas G, Wirths O.
Front Mol Neurosci. 2016 Aug 3;9:62

Prognostic Value of MicroRNAs in Preoperative Treated Rectal Cancer
Azizian A, Epping I, Kramer F, Jo P, Bernhardt M, Kitz J, Salinas G, Wolff HA, Grade M, Beißbarth T, Ghadimi BM, Gaedcke J.
Int J Mol Sci. 2016 Apr 15;17(4):568

The transcriptomes of novel marmoset monkey embryonic stem cell lines reflect distinct genomic features
Debowski K, Drummer C, Lentes J, Cors M, Dressel R, Lingner T, Salinas-Riester G, Fuchs S, Sasaki E, Behr R.
Sci Rep. 2016 Jul 7;6:29122

Physical activity delays hippocampal neurodegeneration and rescues memory deficits in an Alzheimer disease mouse model
Hüttenrauch M, Brauß A, Kurdakova A, Borgers H, Klinker F, Liebetanz D, Salinas-Riester G, Wiltfang J, Klafki HW, Wirths O.
Transl Psychiatry. 2016 May 3;6:e800

MiR144/451 Expression Is Repressed by RUNX1 During Megakaryopoiesis and Disturbed by RUNX1/ETO
DKohrs N, Kolodziej S, Kuvardina ON, Herglotz J, Yillah J, Herkt S, Piechatzek A, Salinas Riester G, Lingner T, Wichmann C, Bonig H, Seifried E, Platzbecker U, Medyouf H, Grez M, Lausen J.
PLoS Genet. 2016 Mar 18;12(3):e1005946

The Cannabinoid CB1/CB2 Agonist WIN55212.2 Promotes Oligodendrocyte Differentiation In Vitro and Neuroprotection During the Cuprizone-Induced Central Nervous System Demyelination
Tomas-Roig J, Wirths O, Salinas-Riester G, Havemann-Reinecke U.
CNS Neurosci Ther. 2016 May; 22(5):387-95

Social defeat leads to changes in the endocannabinoid system: An overexpression of calreticulin and motor impairment in mice
Tomas-Roig J, Piscitelli F, Gil V, Del Río JA, Moore TP, Agbemenyah H, Salinas-Riester G, Pommerenke C, Lorenzen S, Beißbarth T, Hoyer-Fender S, Di Marzo V, Havemann-Reinecke U.
Behav Brain Res. 2016 Apr 15;303:34-43

Short-Term Molecular Acclimation Processes of Legume Nodules to Increased External Oxygen Concentration
Avenhaus U, Cabeza RA, Liese R, Lingner A, Dittert K, Salinas-Riester G, Pommerenke C, Schulze J.
Front Plant Sci. 2016 Jan 6;6:1133. doi: 10.3389/fpls.2015.01133. eCollection 2015

CD14 is a key organizer of microglial responses to CNS infection and injury
Janova H, Böttcher C, Holtman IR, Regen T, van Rossum D, Götz A, Ernst AS, Fritsche C, Gertig U, Saiepour N, Gronke K, Wrzos C, Ribes S, Rolfes S, Weinstein J, Ehrenreich H, Pukrop T, Kopatz J, Stadelmann C, Salinas-Riester G, Weber MS, Prinz M, Brück W, Eggen BJ, Boddeke HW, Priller J, Hanisch UK.
Glia. 2016 Apr;64(4):635-49

Long-Term Oocyte-Like Cell Development in Cultures Derived from Neonatal Marmoset Monkey Ovary
Fereydouni B, Salinas-Riester G, Heistermann M, Dressel R, Lewerich L, Drummer C, Behr R.
Stem Cells Int. 2016;2016:2480298

Modulation of CNS autoimmune responses by CD8(+) T cells coincides with their oligoclonal expansion
Fischer HJ, van den Brandt J, Lingner T, Odoardi F, Flügel A, Weishaupt A, Reichardt HM.
J Neuroimmunol. 2016 Jan 15;290:26-32

Microarray analysis of circulating micro RNAs in the serum of patients with polymyositis and dermatomyositis reveals a distinct disease expression profile and is associated with disease activity
Misunova M, Salinas-Riester G, Luthin S, Pommerenke C, Husakova M, Zavada J, Klein M, Plestilova L, Svitalkova T, Cepek P, Novota P, Vencovsky J.
Clin Exp Rheumatol. 2016 Jan-Feb;34(1):17-24. Epub 2015 Nov 17

2015 und früher

SMRT sequencing of the Campylobacter coli BfR-CA-9557 genome sequence reveals unique methylation motifs
Zautner AE, Goldschmidt AM, Thürmer A, Schuldes J, Bader O, Lugert R, Groß U, Stingl K, Salinas G, Lingner T.
BMC Genomics. 2015 Dec 21;16:1088

Global analysis of asymmetric RNA enrichment in oocytes reveals low conservation between closely related Xenopus species
Claußen M, Lingner T, Pommerenke C, Opitz L, Salinas G, Pieler T.
Mol Biol Cell. 2015 Nov 1;26(21):3777-87

Thymocyte-derived BDNF influences T-cell maturation at the DN3/DN4 transition stage
Linker RA, Lee DH, Flach AC, Litke T, van den Brandt J, Reichardt HM, Lingner T, Bommhardt U, Sendtner M, Gold R, Flügel A, Lühder F.
Eur J Immunol. 2015 May;45(5):1326-38

Central role of Th2/Tc2 lymphocytes in pattern II multiple sclerosis lesions
Planas R, Metz I, Ortiz Y, Vilarrasa N, Jelčić I, Salinas-Riester G, Heesen C, Brück W, Martin R, Sospedra M.
Ann Clin Transl Neurol. 2015 Sep;2(9):875-93

Influence of total genomic alteration and chromosomal fragmentation on response to a combination of azacitidine and lenalidomide in a cohort of patients with very high risk MDS
Ganster C, Shirneshan K, Salinas-Riester G, Braulke F, Schanz J, Platzbecker U, Haase D.
Leuk Res. 2015 Oct;39(10):1079-87

Sensing Cardiac Electrical Activity With a Cardiac Myocyte-Targeted Optogenetic Voltage Indicator
Chang Liao ML, de Boer TP, Mutoh H, Raad N, Richter C, Wagner E, Downie BR, Unsöld B, Arooj I, Streckfuss-Bömeke K, Döker S, Luther S, Guan K, Wagner S, Lehnart SE, Maier LS, Stühmer W, Wettwer E, van Veen T, Morlock MM, Knöpfel T, Zimmermann WH.
Circ Res. 2015 Aug 14;117(5):401-12

Next generation sequencing of sex-specific genes in the livers of obese ZSF1 rats
Babelova A, Burckhardt BC, Salinas-Riester G, Pommerenke C, Burckhardt G, Henjakovic M.
Genomics. 2015 Jul 19. pii: S0888-7543(15) 30021-5

The oxidative demethylase ALKBH3 marks hyperactive gene promoters in human cancer cells
Liefke R, Windhof-Jaidhauser IM, Gaedcke J, Salinas-Riester G, Wu F, Ghadimi M, Dango S.
Genome Med. 2015 Jun 30;7(1):66

Thymocyte-derived BDNF influences T-cell maturation at the DN3/DN4 transition stage
Linker RA, Lee DH, Flach AC, Litke T, van den Brandt J, Reichardt HM, Lingner T, Bommhardt U, Sendtner M, Gold R, Flügel A, Lühder F.
Eur J Immunol. 2015 May;45(5):1326-38

Destabilization of pluripotency in the absence of Mad2l2
Pirouz M, Rahjouei A, Shamsi F, Eckermann KN, Salinas-Riester G, Pommerenke C, Kessel M.
Cell Cycle. 2015 Apr 30:0

Overexpression of mutant Ptch in rhabdomyosarcomas is associated with promoter hypomethylation and increased Gli1 and H3K4me3 occupancy
Nitzki F, Tolosa EJ, Cuvelier N, Frommhold A, Salinas-Riester G, Johnsen SA, Fernandez-Zapico ME, Hahn H.
Oncotarget. 2015 Apr 20;6(11):9113-24

Non-viral generation of marmoset monkey iPS cells by a six-factor-in-one-vector approach
Debowski K, Warthemann R, Lentes J, Salinas-Riester G, Dressel R, Langenstroth D, Gromoll J, Sasaki E, Behr R.
PLoS One. 2015 Mar 18;10(3):e0118424

mRNA profiling reveals determinants of trastuzumab efficiency in HER2-positive breast cancer
von der Heyde S, Wagner S, Czerny A, Nietert M, Ludewig F, Salinas-Riester G, Arlt D, Beißbarth T.
PLoS One. 2015 Feb 24;10(2):e0117818

Integrated miRNA and mRNA profiling of tumor-educated macrophages identifies prognostic subgroups in estrogen receptor-positive breast cancer
Bleckmann A, Leha A, Artman S, Menk K, Salinas-Riester G, Binder C, Pukrop T, Beissbarth T, Klemm F.
Mol Oncol. 2014 Aug 16. pii: S1574-7891(14)00178-1

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